なぜ発覚するのか

同じ債権を複数のファクタリング会社に売ると、債権譲渡登記の先後、または取引先への確定日付のある通知の先後で、どちらが優先するかが決まります（民法467条）。ファクタリング会社は契約時に登記情報を確認するため、既に登記があれば分かります。

返せなくなってからでは選択肢が減ります

資金が回らずに二重譲渡を考えている状況なら、その前に公的な相談窓口に行ってください（返せないときの相談先）。